Почвообразующие породы и почвы
На территории заповедника развиты породы нижнего среднего и частично верхнего палеозоя. Преобладают протерозойские и палеозойские отложения из хлоритовых и серицитовых сланцев, мраморов, известняков, алевролитов, песчаников, залегают массивы гранитоидов. Более выположенные участки склонов покрыты курумами. Важную роль в формировании почвенного покрова играют многолетние мерзлотные породы.
В результате исследований почв заповедника был составлен их систематический список и почвенная карта. На площади 21,5%. на кислых метаморфических и изверженных породах развились подбуры тундровые. Подбуры таежные и буро-таёжные (буроземы грубогумусовые) также сформировались на кислых метаморфических и изверженных породах, их площадь составляет 31,1% и 7,2%, соответственно. Дерново-таежные кислые (дерново-бурозёмно-кислые) почвы развились на песчаниках (29,1%) и сланцах (0,4%). Подзолы иллювиально-железистые и иллювиально-гумусовые (подзолы иллювиально-гумусовые и многогумусовые) сформировались на песчаниках и занимают площадь 5,8%. Незначительные площади занимают: глеево-торфянисто-перегнойные (глеезёмы торфянисто-перегнойные таёжные), дерново-таёжные насыщенные (дерново-бурозёмные слабонасыщенные и насыщенные), дерново-карбонатные (включая выщелоченные и оподзоленные), горные примитивные, горно-луговые чернозёмовидные. Особенностью структуры почвенного покрова заповедника является почвы высокогорий. Здесь господствуют почвы с дерновыми мулльаккумулятивными горизонтами, которые обязаны своими происхождением травянистой растительности и умеренно-влажным климатическим условиям. На аллювиальных формах рельефа отрогов Кантегирского хребта формируются маломощные, гумусированные, слабодифференцированные почвы. Для них свойственно низкое содержание карбонитов, высокая степень щебнистости, и плохая сортированность материала. Основными процессами формообразования почв здесь являются торфообразование, дерновый процесс, гумуссирование, выщелачивание. Из почв гидроморфного ряда распространены лугово-болотные, болотные, аллювиальные неразвитые и дерново-аллювиальные. Они приурочены к долинам горных рек, шлейфам склонов и ложбинам стока.
На территории заповедника и его охранной зоны происходят несвойственные для гор Западного Саяна процессы почвообразования. В настоящее время они наблюдаются в полосе периодического затопления водохранилища Саяно-Шушенской ГЭС, которая характеризуется регулируемым в течение года стоком. Минимальный уровень воды (500 м над у.м.) наблюдается в апреле – начале мая, максимальный (540 м.) достигается в октябре. Колебания уровня воды в водохранилище составляет 40 м, это и есть полоса периодического затопления. В настоящее время здесь происходят почвообразование. Почвы зоны затопления, приуроченные к коренному берегу с темнохвойной тайгой, характеризуются как среднесуглинистые и легкосуглинистые. В зоне лесостепей гранулометрический состав среднесуглинистых и легкосуглинистых почв утяжеляется за счет увеличение доли глинистых фракций. Следов оглеения в формирующихся почвах не прослеживается, щебнистость почвенного профиля в большей степени выражена в левобережье водохранилища, что свидетельствует об активности обвальных и осыпных процессов на территории заповедника. Для почв зоны периодического затопления характерны: неструктурированность, высокая плотность, полное отсутствие почвенной фауны, подземной биомассы.