Фауна
Расположение заповедника на стыке горных систем вблизи обширных степных территорий, его значительная широтная и высотная протяженность, разнообразие ландшафтов и микроклиматических условий обусловливают разнообразие животного мира.
Для лесной зоны характерны и многочисленны такие виды, как соболь и белка, сибирская кабарга, медведь, марал, реже встречаются рысь, росомаха и лось. Обычны в таежной зоне заяц-беляк, пищуха, глухарь, рябчик.
Фоновым видом горной лесостепи является сибирский горный козел, в ареале которого обитает снежный барс (ирбис). На малоснежных участках лесостепной зоны обитают волк, кабан, косуля сибирская, алтайский улар, бородатая куропатка. В степной зоне очень редко встречаются манул, каменная куница.
У верхней границы леса и в горной тундре обитают северный олень, тундряная и белая куропатки. Границы лесорастительных зон, как и границы распространения видов, в известной мере условны, для копытных животных и крупных хищников лимитирующим фактором среды обитания является высота снегового покрова.
Редки для заповедника барсук, лисица, горностай, ласка, выдра.
По берегам водохранилища стабильно гнездится скопа, внесенная в Красную книгу Российской Федерации.
Количество видов:
— насекомые – 777 видов
— рыбы – 21 вид
— земноводные – 3 вида
— пресмыкающиеся – 6 видов
— птицы – 260 видов
— млекопитающие – 61 вид