Гидрография
Источником питания рек, озер заповедника служат грунтовые воды, атмосферные осадки и снежники. Подземные воды территории заповедника принадлежат к Западно-Саянскому гидрогеологическому массиву. Наибольшее распространение имеют два водоносных комплекса: нижнее-среднекембрийских интрузивных образований и нижнекембрийских отложений. В комплексе нижнее-среднекембрийских интрузивных образований водовмещающими породами являются трещиноватые габбро, плагиограниты и кварцевые диориты. Мощность комплекса несколько десятков метров. По условиям циркуляции воды относятся к трещинно-жильным, слабонапорным. Его водоносность невелика. Наиболее водоносен комплекс нижнекембрийских отложений, где водовмещающими породами служат доломитизированные известняки, песчаники, кремнистые сланцы, туфопесчаники. Воды этого комплекса служат основным подземным источником питания большинства водотоков.
По территории заповедника протекает и впадает в водохранилище несколько относительно крупных рек, протяженностью 25 и более км: Голая (56 км), Таловка (25 км), Узун-Суг (25 км), Малые Уры (34 км), Большие Уры (57 км), и около двух десятков более мелких рек. Крупные реки имеют многочисленные притоки. По рекам повсеместно наблюдаются наледи, особенно долго они держатся в глубоких ущельеобразных долинах рек – Калбак-Мыс, Чолбан-Мыс, ручье Толды-Чел и др. Питание рек смешанное, весной от таяния снегов, летом от атмосферных осадков, а также от наледей, тающих до середины лета, от горных озер и грунтовых вод. В течение всего летнего периода тают снежники, лежащие в наветренных склонах каров, воды которых стекают в озёра. Летние дожди, особенно ливневые, значительная крутизна склонов обуславливают быстрый подъем воды в ручьях и реках, вызывая высокие паводки, что способствует размыву берегов, переформированию отложений и образованию селевых потоков. Ледовые явления на малых реках и ручьях начинаются в ноябре, когда образуются забереги, снежница, шуга, ледяной покров. Реки покрыты льдом 140-170 дней, вскрытие происходит в конце марта — начале апреля и сопровождается ледоходом, но чаще лед тает на месте.
Река Енисей не входит в гидросеть заповедника и является лишь основным водосбором описываемой территории. Строительство плотины Саяно-Шушенской ГЭС на реке Енисей у Карлова створа обусловило появление одного из крупнейших в Сибири глубоководного водохранилища. Водохранилище горное и рассчитано на сезонное регулирование со сработкой до 40 м. Полный объем его по НПУ (нормальный полный уровень) составляет 31,3 км³, длина 289 км (120 км проходит вдоль территории заповедника). Наибольшая ширина 9 км, глубина в приплотинной части — 236 м. Створ плотины Саяно-Шушенской ГЭС замыкает площадь водосбора в 181 тыс. км². Главным фактором, определяющим биологический режим водохранилища, является резкое замедление скорости течения воды, что оказывает влияние на состав и обилие водной фауны и флоры, накопление донных отложений. Затопленная площадь долины реки Енисей в заповеднике составляет 4506 га (1,2% заповедной территории). В результате сезонного колебания уровня воды (40 м), формируется динамичный пойменный комплекс — полоса периодического затопления. Водохранилище Саяно-Шушенской ГЭС начало заполняться в 1978 году. К 1 января 1982 года оно достигло устья реки Ус, к 1983 году – устья реки Большие Уры, к 1984 году произошло его заполнение в пределах заповедника
В Западном Саяне широко распространены мерзлотные породы, они занимают более 50% площади региона. С мерзлотными проявлениями связано существование высокогорных террас в истоках реки Голая и высокогорных болот в истоках рек Кармыш и Отук-Суг в бассейне реки Большие Уры. В долинах рек, проработанных ледником, развились пойменные и низинные болота. Их можно наблюдать по рекам Ала-Аян, Узун-Суг (южный склон Осевого Саянского хребта), Таловка, Синяя – приток реки Голая (Северный склон Осевого Саянского хребта). Общая площадь болот составляет 1290 га.
С действиями ледника связанно развитие высокогорных и пойменных озер. В заповеднике их более 30 с общей площадью 910 га. Особенностью высокогорных озер в карах является отсутствие водной растительности, большая прозрачность и низкие температуры воды. Озера промерзают и вскрываются поздно.